sub-0005
├── label
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│   ├── aparc.annot.ctab
│   ├── aparc.annot.DKTatlas.ctab
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│   └── rh.V2_exvivo.thresh.label
├── mri
│   ├── aparc.a2009s+aseg.mgz
│   ├── aparc+aseg.mgz
│   ├── aparc.DKTatlas+aseg.mgz
│   ├── aseg.auto.mgz
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│   ├── aseg.auto_noCCseg.mgz
│   ├── aseg-in-rawavg.mgz
│   ├── aseg-in-rawavg.nii.gz
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│   ├── aseg.presurf.hypos.mgz
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│   ├── brain.finalsurfs.mgz
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│   ├── brain.mgz
│   ├── ctrl_pts.mgz
│   ├── filled.mgz
│   ├── lh.ribbon.mgz
│   ├── mri_nu_correct.mni.log
│   ├── mri_nu_correct.mni.log.bak
│   ├── norm.mgz
│   ├── nu.mgz
│   ├── orig
│   │   ├── 001.mgz
│   │   └── T2raw.mgz
│   ├── orig.mgz
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│   ├── rawavg.mgz
│   ├── rh.ribbon.mgz
│   ├── ribbon.mgz
│   ├── sclimbic.mgz
│   ├── segment.dat
│   ├── T1.mgz
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│   ├── T2.norm.mgz
│   ├── T2.prenorm.mgz
│   ├── talairach.label_intensities.txt
│   ├── talairach.log
│   ├── talairach_with_skull.log
│   ├── transforms
│   │   ├── bak
│   │   ├── cc_up.lta
│   │   ├── T1_to_T2.v21.info
│   │   ├── T1_to_T2.v21.lta
│   │   ├── T1_to_T2.v21.QC.gif
│   │   ├── T2raw.auto.dat
│   │   ├── T2raw.auto.dat~
│   │   ├── T2raw.auto.dat.log
│   │   ├── T2raw.auto.dat.mincost
│   │   ├── T2raw.auto.dat.param
│   │   ├── T2raw.auto.dat.sum
│   │   ├── T2raw.auto.lta
│   │   ├── T2raw.lta
│   │   ├── talairach.auto.xfm
│   │   ├── talairach.auto.xfm.lta
│   │   ├── talairach_avi.log
│   │   ├── talairach_avi_QA.log
│   │   ├── talairach.lta
│   │   ├── talairach.m3z
│   │   ├── talairach_with_skull.lta
│   │   ├── talairach.xfm
│   │   └── talsrcimg_to_711-2C_as_mni_average_305_t4_vox2vox.txt
│   ├── wm.asegedit.mgz
│   ├── wm.mgz
│   ├── wmparc-in-rawavg.mgz
│   ├── wmparc-in-rawavg.nii.gz
│   ├── wmparc.mgz
│   └── wm.seg.mgz
├── scripts
│   ├── build-stamp.txt
│   ├── hippocampal-subfields-T2.T2.log
│   ├── lastcall.build-stamp.txt
│   ├── patchdir.txt
│   ├── pctsurfcon.log
│   ├── pctsurfcon.log.old
│   ├── ponscc.cut.log
│   ├── recon-all.cmd
│   ├── recon-all.done
│   ├── recon-all.env
│   ├── recon-all.local-copy
│   ├── recon-all.log
│   └── recon-all-status.log
├── stats
│   ├── aseg.stats
│   ├── lh.aparc.a2009s.stats
│   ├── lh.aparc.DKTatlas.stats
│   ├── lh.aparc.pial.stats
│   ├── lh.aparc.stats
│   ├── lh.BA_exvivo.stats
│   ├── lh.BA_exvivo.thresh.stats
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│   ├── lh.w-g.pct.stats
│   ├── rh.aparc.a2009s.stats
│   ├── rh.aparc.DKTatlas.stats
│   ├── rh.aparc.pial.stats
│   ├── rh.aparc.stats
│   ├── rh.BA_exvivo.stats
│   ├── rh.BA_exvivo.thresh.stats
│   ├── rh.curv.stats
│   ├── rh.w-g.pct.stats
│   ├── sclimbic.stats
│   └── wmparc.stats
├── surf
│   ├── lh.area
│   ├── lh.area.mid
│   ├── lh.area.pial
│   ├── lh.avg_curv
│   ├── lh.curv
│   ├── lh.curv.pial
│   ├── lh.defect_borders
│   ├── lh.defect_chull
│   ├── lh.defect_labels
│   ├── lh.inflated
│   ├── lh.inflated.H
│   ├── lh.inflated.K
│   ├── lh.inflated.nofix
│   ├── lh.jacobian_white
│   ├── lh.midthickness
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│   ├── lh.orig.nofix
│   ├── lh.pial
│   ├── lh.qsphere.nofix
│   ├── lh.smoothwm
│   ├── lh.smoothwm.BE.crv
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│   ├── lh.smoothwm.H.crv
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│   ├── lh.smoothwm.K2.crv
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│   ├── lh.smoothwm.S.crv
│   ├── lh.sphere
│   ├── lh.sphere.reg
│   ├── lh.sulc
│   ├── lh.thickness
│   ├── lh.volume
│   ├── lh.w-g.pct.mgh
│   ├── lh.white
│   ├── lh.white.H -> lh.white.preaparc.H
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│   ├── lh.white.preaparc
│   ├── lh.white.preaparc.H
│   ├── lh.white.preaparc.K
│   ├── lh.woT2.pial
│   ├── rh.area
│   ├── rh.area.mid
│   ├── rh.area.pial
│   ├── rh.avg_curv
│   ├── rh.curv
│   ├── rh.curv.pial
│   ├── rh.defect_borders
│   ├── rh.defect_chull
│   ├── rh.defect_labels
│   ├── rh.inflated
│   ├── rh.inflated.H
│   ├── rh.inflated.K
│   ├── rh.inflated.nofix
│   ├── rh.jacobian_white
│   ├── rh.midthickness
│   ├── rh.orig
│   ├── rh.orig.nofix
│   ├── rh.pial
│   ├── rh.qsphere.nofix
│   ├── rh.smoothwm
│   ├── rh.smoothwm.BE.crv
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│   ├── rh.sphere
│   ├── rh.sphere.reg
│   ├── rh.sulc
│   ├── rh.thickness
│   ├── rh.volume
│   ├── rh.w-g.pct.mgh
│   ├── rh.white
│   ├── rh.white.H -> rh.white.preaparc.H
│   ├── rh.white.K -> rh.white.preaparc.K
│   ├── rh.white.preaparc
│   ├── rh.white.preaparc.H
│   ├── rh.white.preaparc.K
│   └── rh.woT2.pial
├── tmp
│   └── hippoSF_T2_v21_T2_left
│       ├── 29176858_T2resampledLikeT1__879402.mgh
│       ├── asegModBinDilated.mgz
│       ├── asegModCHA.mgz
│       ├── asegMod.mgz
│       ├── asegT2space.mgz
│       ├── hippoAmygBinaryMask_autoCropped.mgz
│       ├── hippoAmygBinaryMask.mgz
│       ├── imageDump.mgz
│       ├── T1toT2.lta
│       ├── T2corrected.mgz
│       ├── T2isotropic.mgz
│       ├── T2resampledLikeT1.mgz
│       ├── trash.lta
│       └── warpedOriginalMesh.txt.gz
├── touch
│   ├── aparc.a2009s2aseg.touch
│   ├── aparc.DKTatlas2aseg.touch
│   ├── apas2aseg.touch
│   ├── asegmerge.touch
│   ├── ca_label.touch
│   ├── ca_normalize.touch
│   ├── ca_register.touch
│   ├── conform.touch
│   ├── cortical_ribbon.touch
│   ├── em_register.touch
│   ├── fill.touch
│   ├── inorm1.touch
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│   ├── lh.aparc2.touch
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│   ├── lh.aparcstats.touch
│   ├── lh.aparc.touch
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│   ├── rusage.mri_ca_register.dat
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└── trash

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