By default, fMRIPrep v24.1.1 appears to output in MNI152NLin2009cAsym space while fMRIPost-AROMA version “main” outputs to MNI152NLin6Asym space. Is this the likely cause behind subpar alignment when running the latter pipeline?
Example, for the same subject:
This results in a substantial proportion of the components being labeled as noise:
Example of the command used to run this as a container:
apptainer run --cleanenv \
-B /mnt/Samsung_EVO_1TB/GENFI_AROMA:/data \
-B /mnt/Samsung_EVO_1TB/GENFI_AROMA/derivatives/fmripost_aroma:/output \
-B /home/mpasternak/tmp/sub-C9ORF040:/work \
/home/mpasternak/Applications/apptainer/fmripost-aroma-main.sif \
/data \
/output \
participant \
-w /work \
--derivatives fmriprep=/data/derivatives/fmriprep \
--participant-label sub-C9ORF040 \
--skip-bids-validation \
--omp-nthreads 4 \
--random-seed 42 \
-v
All I’m after are the ICA-AROMA timeseries confounds to provide XCP-D downstream. Are there any suggestions for an approach I can take to get ICA-AROMA working for a preprocessed fMRIPrep dataset in MNI152NLin2009cAsym space?
In case it helps, here is the tree command run on a particular fmriprep derivatives subject folder (i.e. /BIDS_ROOT/derivatives/fmriprep/sub-C9ORF001):
Permissions Size User Date Modified Name
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 .
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 ├── anat
.rwxrwxrwx 441 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-brain_mask.json
.rwxrwxrwx 46k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-brain_mask.nii.gz
.rwxrwxrwx 28 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-preproc_T1w.json
.rwxrwxrwx 43M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-preproc_T1w.nii.gz
.rwxrwxrwx 439 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-ribbon_mask.json
.rwxrwxrwx 115k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-ribbon_mask.nii.gz
.rwxrwxrwx 210k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_dseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 226 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-fsnative_to-T1w_mode-image_xfm.txt
.rwxrwxrwx 75M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-MNI152NLin6Asym_to-T1w_mode-image_xfm.h5
.rwxrwxrwx 90M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-MNI152NLin2009cAsym_to-T1w_mode-image_xfm.h5
.rwxrwxrwx 227 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-T1w_to-fsnative_mode-image_xfm.txt
.rwxrwxrwx 75M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-T1w_to-MNI152NLin6Asym_mode-image_xfm.h5
.rwxrwxrwx 90M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_from-T1w_to-MNI152NLin2009cAsym_mode-image_xfm.h5
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_midthickness.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_pial.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_space-fsaverage_desc-reg_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_space-fsLR_desc-msmsulc_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_space-fsLR_desc-reg_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 626k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_sulc.shape.gii
.rwxrwxrwx 564k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_thickness.shape.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-L_white.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_midthickness.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_pial.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_space-fsaverage_desc-reg_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_space-fsLR_desc-msmsulc_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_space-fsLR_desc-reg_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_sphere.surf.gii
.rwxrwxrwx 634k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_sulc.shape.gii
.rwxrwxrwx 576k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_thickness.shape.gii
.rwxrwxrwx 4.3M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_hemi-R_white.surf.gii
.rwxrwxrwx 510k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_label-CSF_probseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 930k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_label-GM_probseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 546k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_label-WM_probseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 28 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_rec-Norm_desc-preproc_T2w.json
.rwxrwxrwx 39M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_rec-Norm_desc-preproc_T2w.nii.gz
.rwxrwxrwx 579k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_curv.dscalar.nii
.rwxrwxrwx 425 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_curv.json
.rwxrwxrwx 579k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_sulc.dscalar.nii
.rwxrwxrwx 425 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_sulc.json
.rwxrwxrwx 579k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_thickness.dscalar.nii
.rwxrwxrwx 425 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-fsLR_den-91k_thickness.json
.rwxrwxrwx 21 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-brain_mask.json
.rwxrwxrwx 46k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-brain_mask.nii.gz
.rwxrwxrwx 27 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-preproc_T1w.json
.rwxrwxrwx 6.2M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-preproc_T1w.nii.gz
.rwxrwxrwx 212k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_dseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 3.5M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_label-CSF_probseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 4.9M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_label-GM_probseg.nii.gz
.rwxrwxrwx 3.8M mpasternak 27 Oct 2024 │ └── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_label-WM_probseg.nii.gz
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 ├── figures
.rwxrwxrwx 284 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_desc-conform_T1w.html
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.rwxrwxrwx 1.4M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_dseg.svg
.rwxrwxrwx 427 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V01_desc-about_T1w.html
.rwxrwxrwx 388 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V01_desc-summary_T1w.html
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.rwxrwxrwx 150k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-carpetplot_bold.svg
.rwxrwxrwx 102k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-compcorvar_bold.svg
.rwxrwxrwx 168k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-confoundcorr_bold.svg
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.rwxrwxrwx 833k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-sdc_bold.svg
.rwxrwxrwx 552 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-summary_bold.html
.rwxrwxrwx 0 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-validation_bold.html
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.rwxrwxrwx 98k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V11_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-compcorvar_bold.svg
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.rwxrwxrwx 934k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V11_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-sdc_bold.svg
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.rwxrwxrwx 98k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-compcorvar_bold.svg
.rwxrwxrwx 166k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-confoundcorr_bold.svg
.rwxrwxrwx 1.0M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-coreg_bold.svg
.rwxrwxrwx 1.2M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-fmapCoreg_bold.svg
.rwxrwxrwx 469k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-rois_bold.svg
.rwxrwxrwx 949k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-sdc_bold.svg
.rwxrwxrwx 552 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-summary_bold.html
.rwxrwxrwx 0 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V12_task-rest_acq-Siemens3T_rec-Moco_desc-validation_bold.html
.rwxrwxrwx 926k mpasternak 27 Oct 2024 │ └── sub-C9ORF001_space-MNI152NLin2009cAsym_T1w.svg
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 ├── log
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── 20241027-133828_4c29ce2b-ce13-4c19-870e-ae102989799d
.rwxrwxrwx 2.2k mpasternak 27 Oct 2024 │ │ └── fmriprep.toml
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 │ └── 20241027-220122_b2048c56-ff9b-4041-ba7c-5c19838d064e
.rwxrwxrwx 2.2k mpasternak 27 Oct 2024 │ └── fmriprep.toml
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 ├── ses-V01
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 │ └── anat
.rwxrwxrwx 229 mpasternak 27 Oct 2024 │ └── sub-C9ORF001_ses-V01_acq-Siemens3Tt1_rec-Norm_from-orig_to-T1w_mode-image_xfm.txt
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 ├── ses-V02
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── anat
.rwxrwxrwx 230 mpasternak 27 Oct 2024 │ │ └── sub-C9ORF001_ses-V02_acq-Siemens3Tt1_rec-Norm_from-orig_to-T1w_mode-image_xfm.txt
drwxrwxrwx - mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── fmap
.rwxrwxrwx 14k mpasternak 27 Oct 2024 │ │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_fmapid-subC9ORF001sesV02taskrestacqSiemens3Tbold_desc-coeff_fieldmap.nii.gz
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.rwxrwxrwx 736 mpasternak 27 Oct 2024 │ │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_fmapid-subC9ORF001sesV02taskrestacqSiemens3Tbold_desc-preproc_fieldmap.json
.rwxrwxrwx 855k mpasternak 27 Oct 2024 │ │ └── sub-C9ORF001_ses-V02_fmapid-subC9ORF001sesV02taskrestacqSiemens3Tbold_desc-preproc_fieldmap.nii.gz
drwxrwxrwx - mpasternak 18 Jan 18:14 │ └── func
.rwxrwxrwx 120 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-brain_mask.json
.rwxrwxrwx 2.0k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-brain_mask.nii.gz
.rwxrwxrwx 47k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-confounds_timeseries.json
.rwxrwxrwx 295k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_desc-confounds_timeseries.tsv
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.rwxrwxrwx 120 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-boldref_to-sub-C9ORF001ses-V02task-restacq-Siemens3Tbold_mode-image_xfm.json
.rwxrwxrwx 236 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-boldref_to-sub-C9ORF001ses-V02task-restacq-Siemens3Tbold_mode-image_xfm.txt
.rwxrwxrwx 131 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-boldref_to-T1w_mode-image_desc-coreg_xfm.json
.rwxrwxrwx 230 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-boldref_to-T1w_mode-image_desc-coreg_xfm.txt
.rwxrwxrwx 120 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-orig_to-boldref_mode-image_desc-hmc_xfm.json
.rwxrwxrwx 29k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_from-orig_to-boldref_mode-image_desc-hmc_xfm.txt
.rwxrwxrwx 52M mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-fsLR_den-91k_bold.dtseries.nii
.rwxrwxrwx 680 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-fsLR_den-91k_bold.json
.rwxrwxrwx 737 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_boldref.json
.rwxrwxrwx 427k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_boldref.nii.gz
.rwxrwxrwx 737 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-brain_mask.json
.rwxrwxrwx 2.4k mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-brain_mask.nii.gz
.rwxrwxrwx 864 mpasternak 27 Oct 2024 │ ├── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-preproc_bold.json
.rwxrwxrwx 59M mpasternak 27 Oct 2024 │ └── sub-C9ORF001_ses-V02_task-rest_acq-Siemens3T_space-MNI152NLin2009cAsym_desc-preproc_bold.nii.gz
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All the transforms (i.e T1w_to-MNI152NLin6Asym) seem to be present, so I’m not sure why it looks like not all of them are being applied?
