Dear all,
Thank you for your help and the quick update of fmriprep!
After updating, I again tried to pair the topup scans. Strangely, it worked in 2 subject sessions (0071 and 0072), but not in the rest.
Below you can see the folder structure. Notice we chose to change sessions to subjects because of the longitudinal nature and expected structural changes.
/dbstore/Rijnstate/SYNAPSE/BIDS4
├── dataset_description.json
├── license.txt
├── sub-0061
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0061_T1w.json
│ │ └── sub-0061_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0061_dwi.bval
│ │ ├── sub-0061_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0061_dwi.json
│ │ └── sub-0061_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0061_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0061_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0061_task-rest_bold.json
│ └── sub-0061_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0062
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0062_T1w.json
│ │ └── sub-0062_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0062_dwi.bval
│ │ ├── sub-0062_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0062_dwi.json
│ │ └── sub-0062_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0062_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0062_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0062_task-rest_bold.json
│ └── sub-0062_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0063
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0063_T1w.json
│ │ └── sub-0063_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0063_dwi.bval
│ │ ├── sub-0063_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0063_dwi.json
│ │ └── sub-0063_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0063_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0063_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0063_task-rest_bold.json
│ └── sub-0063_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0064
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0064_T1w.json
│ │ └── sub-0064_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0064_dwi.bval
│ │ ├── sub-0064_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0064_dwi.json
│ │ └── sub-0064_dwi.nii.gz
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│ │ ├── sub-0064_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0064_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0064_task-rest_bold.json
│ └── sub-0064_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0065
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0065_T1w.json
│ │ └── sub-0065_T1w.nii.gz
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│ │ ├── sub-0065_dwi.bval
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│ │ ├── sub-0065_dwi.json
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│ │ ├── sub-0065_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0065_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0065_task-rest_bold.json
│ └── sub-0065_task-rest_bold.nii.gz
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│ ├── anat
│ │ ├── sub-0066_T1w.json
│ │ └── sub-0066_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0066_dwi.bval
│ │ ├── sub-0066_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0066_dwi.json
│ │ └── sub-0066_dwi.nii.gz
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│ │ ├── sub-0066_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0066_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0066_task-rest_bold.json
│ └── sub-0066_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0071
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0071_T1w.json
│ │ └── sub-0071_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0071_dwi.bval
│ │ ├── sub-0071_dwi.bvec
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│ │ └── sub-0071_dwi.nii.gz
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│ │ ├── sub-0071_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0071_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0071_task-rest_bold.json
│ └── sub-0071_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0072
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0072_T1w.json
│ │ └── sub-0072_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
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│ │ └── sub-0072_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0072_task-rest_bold.json
│ └── sub-0072_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0073
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0073_T1w.json
│ │ └── sub-0073_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0073_dwi.bval
│ │ ├── sub-0073_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0073_dwi.json
│ │ └── sub-0073_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0073_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0073_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0073_task-rest_bold.json
│ └── sub-0073_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0074
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0074_T1w.json
│ │ └── sub-0074_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0074_dwi.bval
│ │ ├── sub-0074_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0074_dwi.json
│ │ └── sub-0074_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0074_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0074_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0074_task-rest_bold.json
│ └── sub-0074_task-rest_bold.nii.gz
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│ ├── anat
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│ │ └── sub-0075_T1w.nii.gz
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│ ├── sub-0075_task-rest_bold.json
│ └── sub-0075_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0076
│ ├── anat
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│ └── func
│ ├── sub-0076_task-rest_bold.json
│ └── sub-0076_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0081
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0081_T1w.json
│ │ └── sub-0081_T1w.nii.gz
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│ ├── fmap
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│ │ └── sub-0081_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0081_task-rest_bold.json
│ └── sub-0081_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0082
│ ├── anat
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│ │ └── sub-0082_dir-AP_epi.nii.gz
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│ ├── sub-0082_task-rest_bold.json
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├── sub-0083
│ ├── anat
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│ │ └── sub-0083_T1w.nii.gz
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│ ├── sub-0083_task-rest_bold.json
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│ ├── anat
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│ │ └── sub-0084_T1w.nii.gz
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│ └── func
│ ├── sub-0084_task-rest_bold.json
│ └── sub-0084_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0085
│ ├── anat
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│ ├── sub-0085_task-rest_bold.json
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│ ├── sub-0086_task-rest_bold.json
│ └── sub-0086_task-rest_bold.nii.gz
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│ ├── anat
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│ │ ├── sub-0091_dir-AP_epi.json
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│ ├── sub-0091_task-rest_bold.json
│ └── sub-0091_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0092
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│ ├── sub-0092_task-rest_bold.json
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│ │ └── sub-0093_T1w.nii.gz
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├── sub-0115
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├── sub-0121
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│ │ └── sub-0121_dir-AP_epi.nii.gz
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│ └── sub-0121_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0122
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├── sub-0123
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│ │ └── sub-0123_dir-AP_epi.nii.gz
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│ └── sub-0123_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0124
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│ ├── sub-0125_task-rest_bold.json
│ └── sub-0125_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0126
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│ │ └── sub-0126_dir-AP_epi.nii.gz
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│ └── sub-0126_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0131
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0131_T1w.json
│ │ └── sub-0131_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0131_dwi.bval
│ │ ├── sub-0131_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0131_dwi.json
│ │ └── sub-0131_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0131_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0131_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0131_task-rest_bold.json
│ └── sub-0131_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0132
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0132_T1w.json
│ │ └── sub-0132_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0132_dwi.bval
│ │ ├── sub-0132_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0132_dwi.json
│ │ └── sub-0132_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0132_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0132_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0132_task-rest_bold.json
│ └── sub-0132_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0133
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0133_T1w.json
│ │ └── sub-0133_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0133_dwi.bval
│ │ ├── sub-0133_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0133_dwi.json
│ │ └── sub-0133_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0133_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0133_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0133_task-rest_bold.json
│ └── sub-0133_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0134
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0134_T1w.json
│ │ └── sub-0134_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0134_dwi.bval
│ │ ├── sub-0134_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0134_dwi.json
│ │ └── sub-0134_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0134_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0134_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0134_task-rest_bold.json
│ └── sub-0134_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0135
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0135_T1w.json
│ │ └── sub-0135_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0135_dwi.bval
│ │ ├── sub-0135_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0135_dwi.json
│ │ └── sub-0135_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0135_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0135_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0135_task-rest_bold.json
│ └── sub-0135_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0136
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0136_T1w.json
│ │ └── sub-0136_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0136_dwi.bval
│ │ ├── sub-0136_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0136_dwi.json
│ │ └── sub-0136_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0136_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0136_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0136_task-rest_bold.json
│ └── sub-0136_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0181
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0181_T1w.json
│ │ └── sub-0181_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0181_dwi.bval
│ │ ├── sub-0181_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0181_dwi.json
│ │ └── sub-0181_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0181_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0181_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0181_task-rest_bold.json
│ └── sub-0181_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0182
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0182_T1w.json
│ │ └── sub-0182_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0182_dwi.bval
│ │ ├── sub-0182_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0182_dwi.json
│ │ └── sub-0182_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0182_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0182_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0182_task-rest_bold.json
│ └── sub-0182_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0183
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0183_T1w.json
│ │ └── sub-0183_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0183_dwi.bval
│ │ ├── sub-0183_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0183_dwi.json
│ │ └── sub-0183_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0183_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0183_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0183_task-rest_bold.json
│ └── sub-0183_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0184
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0184_T1w.json
│ │ └── sub-0184_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0184_dwi.bval
│ │ ├── sub-0184_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0184_dwi.json
│ │ └── sub-0184_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0184_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0184_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0184_task-rest_bold.json
│ └── sub-0184_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0185
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0185_T1w.json
│ │ └── sub-0185_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0185_dwi.bval
│ │ ├── sub-0185_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0185_dwi.json
│ │ └── sub-0185_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0185_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0185_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0185_task-rest_bold.json
│ └── sub-0185_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0186
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0186_T1w.json
│ │ └── sub-0186_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0186_dwi.bval
│ │ ├── sub-0186_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0186_dwi.json
│ │ └── sub-0186_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0186_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0186_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0186_task-rest_bold.json
│ └── sub-0186_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0201
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0201_T1w.json
│ │ └── sub-0201_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0201_dwi.bval
│ │ ├── sub-0201_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0201_dwi.json
│ │ └── sub-0201_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0201_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0201_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0201_task-rest_bold.json
│ └── sub-0201_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0205
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0205_T1w.json
│ │ └── sub-0205_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0205_dwi.bval
│ │ ├── sub-0205_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0205_dwi.json
│ │ └── sub-0205_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0205_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0205_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0205_task-rest_bold.json
│ └── sub-0205_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0206
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0206_T1w.json
│ │ └── sub-0206_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0206_dwi.bval
│ │ ├── sub-0206_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0206_dwi.json
│ │ └── sub-0206_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0206_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0206_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0206_task-rest_bold.json
│ └── sub-0206_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0221
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0221_T1w.json
│ │ └── sub-0221_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0221_dwi.bval
│ │ ├── sub-0221_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0221_dwi.json
│ │ └── sub-0221_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0221_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0221_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0221_task-rest_bold.json
│ └── sub-0221_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0222
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0222_T1w.json
│ │ └── sub-0222_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0222_dwi.bval
│ │ ├── sub-0222_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0222_dwi.json
│ │ └── sub-0222_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0222_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0222_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0222_task-rest_bold.json
│ └── sub-0222_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0223
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0223_T1w.json
│ │ └── sub-0223_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0223_dwi.bval
│ │ ├── sub-0223_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0223_dwi.json
│ │ └── sub-0223_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0223_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0223_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0223_task-rest_bold.json
│ └── sub-0223_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0224
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0224_T1w.json
│ │ └── sub-0224_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0224_dwi.bval
│ │ ├── sub-0224_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0224_dwi.json
│ │ └── sub-0224_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0224_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0224_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0224_task-rest_bold.json
│ └── sub-0224_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0225
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0225_T1w.json
│ │ └── sub-0225_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0225_dwi.bval
│ │ ├── sub-0225_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0225_dwi.json
│ │ └── sub-0225_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0225_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0225_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0225_task-rest_bold.json
│ └── sub-0225_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0231
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0231_T1w.json
│ │ └── sub-0231_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0231_dwi.bval
│ │ ├── sub-0231_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0231_dwi.json
│ │ └── sub-0231_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0231_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0231_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0231_task-rest_bold.json
│ └── sub-0231_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0232
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0232_T1w.json
│ │ └── sub-0232_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0232_dwi.bval
│ │ ├── sub-0232_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0232_dwi.json
│ │ └── sub-0232_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0232_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0232_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0232_task-rest_bold.json
│ └── sub-0232_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0233
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0233_T1w.json
│ │ └── sub-0233_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0233_dwi.bval
│ │ ├── sub-0233_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0233_dwi.json
│ │ └── sub-0233_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0233_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0233_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0233_task-rest_bold.json
│ └── sub-0233_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0234
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0234_T1w.json
│ │ └── sub-0234_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0234_dwi.bval
│ │ ├── sub-0234_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0234_dwi.json
│ │ └── sub-0234_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0234_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0234_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0234_task-rest_bold.json
│ └── sub-0234_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0235
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0235_T1w.json
│ │ └── sub-0235_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0235_dwi.bval
│ │ ├── sub-0235_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0235_dwi.json
│ │ └── sub-0235_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0235_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0235_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0235_task-rest_bold.json
│ └── sub-0235_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0261
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0261_T1w.json
│ │ └── sub-0261_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0261_dwi.bval
│ │ ├── sub-0261_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0261_dwi.json
│ │ └── sub-0261_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0261_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0261_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0261_task-rest_bold.json
│ └── sub-0261_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0262
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0262_T1w.json
│ │ └── sub-0262_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0262_dwi.bval
│ │ ├── sub-0262_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0262_dwi.json
│ │ └── sub-0262_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0262_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0262_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0262_task-rest_bold.json
│ └── sub-0262_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0263
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0263_T1w.json
│ │ └── sub-0263_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0263_dwi.bval
│ │ ├── sub-0263_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0263_dwi.json
│ │ └── sub-0263_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0263_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0263_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0263_task-rest_bold.json
│ └── sub-0263_task-rest_bold.nii.gz
├── sub-0264
│ ├── anat
│ │ ├── sub-0264_T1w.json
│ │ └── sub-0264_T1w.nii.gz
│ ├── dwi
│ │ ├── sub-0264_dwi.bval
│ │ ├── sub-0264_dwi.bvec
│ │ ├── sub-0264_dwi.json
│ │ └── sub-0264_dwi.nii.gz
│ ├── fmap
│ │ ├── sub-0264_dir-AP_epi.json
│ │ └── sub-0264_dir-AP_epi.nii.gz
│ └── func
│ ├── sub-0264_task-rest_bold.json
│ └── sub-0264_task-rest_bold.nii.gz
└── sub-0265
├── anat
│ ├── sub-0265_T1w.json
│ └── sub-0265_T1w.nii.gz
├── dwi
│ ├── sub-0265_dwi.bval
│ ├── sub-0265_dwi.bvec
│ ├── sub-0265_dwi.json
│ └── sub-0265_dwi.nii.gz
├── fmap
│ ├── sub-0265_dir-AP_epi.json
│ └── sub-0265_dir-AP_epi.nii.gz
└── func
├── sub-0265_task-rest_bold.json
└── sub-0265_task-rest_bold.nii.gz
Below are the jsons of 0071 and 0073:
0071 (which did pair)
{
“EstimatedTotalReadoutTime”: 0.0240456,
“TotalReadoutTime”: 0.0240456,
“PhaseEncodingDirection”: “j-”,
“Intendedfor”: “func/sub-0071_task-rest_bold.nii.gz”
}
0073 (which did not pair)
{
“Modality”: “MR”,
“MagneticFieldStrength”: 3,
“ImagingFrequency”: 127.751,
“Manufacturer”: “Philips”,
“ManufacturersModelName”: “Ingenia”,
“BodyPartExamined”: “HEAD”,
“PatientPosition”: “HFS”,
“SoftwareVersions”: “5.6.1\5.6.1.0”,
“MRAcquisitionType”: “2D”,
“ProtocolName”: “fMRI tra top up”,
“ScanningSequence”: “GR”,
“SequenceVariant”: “SK”,
“ScanOptions”: “FS”,
“ImageType”: [
“ORIGINAL”,
“PRIMARY”,
“M”,
“FFE”,
“M”,
“FFE”
],
“SeriesNumber”: 701,
“AcquisitionTime”: “11:55:56.240000”,
“AcquisitionNumber”: 7,
“PhilipsRescaleSlope”: 1.38413,
“PhilipsRescaleIntercept”: 0,
“PhilipsScaleSlope”: 0.0278204,
“UsePhilipsFloatNotDisplayScaling”: 1,
“SliceThickness”: 3,
“SpacingBetweenSlices”: 3,
“SAR”: 0.078129,
“EchoTime”: 0.027,
“RepetitionTime”: 1.98149,
“MTState”: false,
“FlipAngle”: 90,
“CoilString”: “MULTI COIL”,
“PercentPhaseFOV”: 100,
“PercentSampling”: 101.316,
“EchoTrainLength”: 43,
“PhaseEncodingSteps”: 76,
“AcquisitionMatrixPE”: 76,
“ReconMatrixPE”: 128,
“ParallelReductionFactorInPlane”: 1.8,
“ParallelAcquisitionTechnique”: “SENSE”,
“WaterFatShift”: 10.6757,
“EstimatedEffectiveEchoSpacing”: 0.000189132,
“EstimatedTotalReadoutTime”: 0.0240198,
“PixelBandwidth”: 2273,
“ImageOrientationPatientDICOM”: [
0.998601,
-0.0190899,
0.0493189,
0.0302583,
0.971091,
-0.236784
],
“InPlanePhaseEncodingDirectionDICOM”: “COL”,
“ConversionSoftware”: “dcm2niix”,
“ConversionSoftwareVersion”: “v1.0.20211006”,
“Dcm2bidsVersion”: “2.1.6”,
“IntendedFor”: “func/sub-0073_task-rest_bold.nii.gz”,
“PhaseEncodingDirection”: “j-”,
“TotalReadoutTime”: 0.0240198
}
In an earlier phase, I shortened the jsons of 0071 and 0072. Could that be why it does work on those? Though I do not see why. In the other jsons I added IntendedFor with a script because otherwise it would take hours.
Kind regards, Joey